Ресорни дирекции и отдели:
Дирекция „Превантивна дейност”: отдели „Оценка на въздействието върху околната среда и екологична оценка”, „Предотвратяване на промишленото замърсяване” и сектор „Екологична отговорност”
Дирекция „Управление на отпадъците”: отдели „Управление на битови и строителни отпадъци” и „Управление на производствени и опасни отпадъци”
Дирекция „Опазване чистотата на въздуха”: отдели „Качество на атмосферния въздух”, „Глобални атмосферни процеси”
Дирекция „Земни недра и подземни богатства”: отдели „Земни недра и баланс на запасите”, „Геология и разрешения за проучвания”
Дирекция „Координация на регионалните инспекции по околната среда и водите”, отдел „Оперативен контрол и управление на опасните химични вещества”
Дирекция „Национална служба за защита на природата”: отдели „Защитени територии”, „Натура 2000”, „Биологично разнообразие” и сектор „ГМО”
Отдел „Политика по изменение на климата”
Отдел „Стратегия и програми за околната среда”
Предприятие за управление на дейности по опазване на околната среда /ПУДООС/

Ресорни дирекции и отдели:
Дирекция „Фондове на ЕС за околна среда”: отдели „Подготовка на проекти, тръжни процедури и сключване на договори”, „Предварителен контрол”, „Финансова дейност”, „Мониторинг и контрол”, „Изпълнение на инвестиционни проекти с финансиране от Европейския съюз и международни финансови институции”
Дирекция „Стратегия, координация по въпросите на ЕС и международно сътрудничество”: отдели „Координация по въпросите на ЕС”, „Международно сътрудничество”
Дирекция „Кохезионна политика за околна среда”: отдели „Програмиране, партньорство, информация и публичност”, „Управление и оценка на програмата”, „Финансово управление и контрол” и „Мониторинг и докладване”
Дирекция „Изпълнение по програма ФАР”: отдели „Мониторинг и контрол”, „Техническа подготовка”
Дирекция „Управление на водите”: отдели „Ползване на водите”, „Опазване на водните обекти”