Ресорни дирекции и отдели:
Дирекция „Превантивна дейност”: отдели „Оценка на въздействието върху околната среда и екологична оценка”, сектор „Екологична отговорност”, „Предотвратяване на промишленото замърсяване”, „Опасни химични вещества”
Дирекция „Управление на отпадъците”: отдели „Управление на битови и строителни отпадъци” и „Управление на производствени и опасни отпадъци”
Дирекция „Опазване чистотата на въздуха”: отдел „Качество на атмосферния въздух”, „Глобални атмосферни процеси”
Дирекция „Национална служба за защита на природата”: отдели „Защитени територии”, „Натура 2000”, „Биологично разнообразие” и сектор „ГМО”
Дирекция „Политики по околната среда”: отдел „Стратегии и програми за околната среда”, „Координация на контролната дейност”
Дирекция „Политика по изменение на климата”: отдел „Прилагане на европейската политика по изменение на климата”, сектор „Международен механизъм за търговия с емисии”
Предприятие за управление на дейности по опазване на околната среда /ПУДООС/

Ресорни дирекции и отдели:
Дирекция „Фондове на ЕС за околна среда”: отдели „Предварителен контрол”, ”Оценка, търгове и договаряне ” „Финансова дейност”, „Мониторинг”
Дирекция „Европейски и международни проекти”: отдели „Изпълнение на проекти”, „Подготовка на проекти и сключване на договори”, „Финансова дейност”, „Мониторинг и контрол”
Дирекция “Координация по въпросите на Европейския съюз и международно сътрудничество”: отдели „Координация по въпросите на ЕС”, „Международно сътрудничество”
Дирекция „Кохезионна политика за околна среда”: отдели „Програмиране, партньорство, информация и публичност”, „Управление и оценка на програмата”, „Финансово управление и контрол” и „Мониторинг и докладване”
Дирекция „Управление на водите”: отдели „Ползване на водите”, „Опазване на водните обекти”, „Координация и контрол”