В проекта на доклад на Сметната палата за извършен одит на изпълнението на „Управлението на националните паркове“ за периода от 1 януари 2010 г. до 31 декември 2012 г., предоставен на Министерството на околната среда и водите на 28 март 2014 г., са отправени конкретни препоръки към ведомството. На база на тях, експертите на МОСВ незабавно предприемат действия за подобряване работата на Националните паркове „Рила“, „Пирин“ и „Централен Балкан“.  Към момента, голяма част от препоръките вече са изпълнени и целите на управление на националните паркове са постигнати. Не са констатирани загуби на биологично разнообразие и влошаване на състоянието на екосистемите. Дейностите в Дирекциите се организират, съгласно плановете за управление на националните паркове, които са приети през 2001 г. за НП „Рила“ и НП „Централен Балкан“ и 2005 г. за НП „Пирин“. Действащите планове са в сила до приемането на нови от Министерски съвет.

Към средата на месец септември 2014 г., налице са следните предприети мерки за подобряване работата на Дирекции „Национални паркове“ към МОСВ:

1.    Във връзка с усложнената финансова ситуация и намалените бюджетни средства за управление на националните паркове, Дирекциите на трите национални парка изпълняват проекти по Приоритетна ос 3 на Оперативна програма „Околна среда 2007-2013 г.“. Средствата, осигурени от програмата значително надвишават тези, осигурявани от бюджета на МОСВ през 2010 г. и в тази връзка може да се обобщи, че всички дейности на Дирекциите на националните паркове към момента, са финансово обезпечени. При изпълнението на проектите се реализират дейности, свързани с:
•    Актуализация на плановете за управление;
•    Разработване на противопожарни планове;
•    Реализирането на мерки за поддържане и възстановяване на биологичното разнообразие и екосистемите;
•    Изграждане/реконструкция  на туристическа инфраструктура-маршрути, обекти, съоръжения;
•    Развитие на охранителна инфраструктура;
•    Маркиране границите на националните паркове и резерватите в тях;
•    Подобряване на материалната база на дирекциите;
•    Доставка на техническо оборудване;
•    Повишаване на административния капацитет на дирекциите.

2.    Заради съществуващите бюджетни лимити, МОСВ към настоящия момент няма възможност за увеличение охраната на националните паркове. За да подобри работата й в националните паркове и резерватите, Дирекция „Национална служба за защита на природата“ при МОСВ, изпълнява проект „Транспортно – техническо обезпечаване изпълнението на дейности в защитени територии - изключителна държавна собственост“, отново по Приоритетна ос 3 на Оперативна програма „Околна среда 2007-2013г.”. Целта му е осигуряване на транспортни средства и оборудване, с които да се повиши ефективността на охраната.
3.    През 2014 година, с промяна на Устройствения правилник на МОСВ, на Дирекция „Национална служба за защита на природата“ е възложено осъществяването на общо методическо ръководство, координация и контрол върху дейността на Дирекциите на националните паркове.
Що се отнася до данните в доклада, които отчитат намаляване площта на Национален парк „Рила“, припомняме, че в изпълнение на разпоредбите в Закона за защитените територии, през 1999 г. трите народни парка - „Рила“, „Пирин“ и „Централен Балкан“ се прекатегоризират в „национални паркове“, които са изключителна държавна собственост. Същата година, с решение на Народното събрание, част от Национален парк „Рила“ се прекатегоризира в „Природен парк „Рилски манастир“ и собствеността на земите, с площ от 27 370.7 ха., е възстановена на Рилската света обител. Съгласно същото решение на НС, с плана за управление на Природен парк „Рилски манастир“, са  въведени  режими за опазване и ползване, валидни за националните паркове. В тази връзка, изказаните в доклада опасения, че  намаляването на площта на НП „Рила“, реализирано през 2000 г., води до нарастване на риска за неефективно съхранение на биологичното разнообразие в страната,  е необосновано.
След 2000-та г. площта на нито един от трите национални парка не е променяна.