Съгласно Закона за защитените територии, като специализирани регионални органи на Министерството, са обособени три дирекции на национални паркове (ДНП) – ДНП Рила, ДНП Пирин и ДНП Централен Балкан, които извършват управление и контрол по места.

Основните функции на дирекциите са свързани с управление и охрана на националните паркове; прилагане на плановете им за управление; възлагане на дейности, предвидени в плановете за управление и в устройствените планове и проекти; координация и контрол върху дейности, осъществявани от други органи, организации и лица; осъществяване на образователни и информационни програми и проекти; мониторинг на компонентите на околната среда и поддържане на база данни; санкциониране на нарушителите.

Законът за защитените територии определя целите на управление на националните паркове в две взаимнодопълващи се насоки – опазване и съхранение на уникалната природа и предоставяне на възможности за наука, образование, рекреация и устойчив поминък на населението в селищата около тях.

Условията за ползване на парковите ресурси се определят в зависимост от местоположението им в парка и от конкретния им вид. Тези условия са базови при определяне на функционалните зони и съответните режими и норми за ползвания на ресурсите в тях.

Основният инструмент за управлението на парковете са плановете им за управление на територията.